さくらインターネットのカスタマーセンターセンターより、サーバーが制限されたことと制限が解除されない理由について問い合わせをしたところ回答が到着しました。
回答抜粋
サーバにおける規制は2013年11月6日に
ご利用サーバにアクセスが集中し、結果的にデータベースサーバへ負荷が
発生した事に起因いたします。現時点ではご利用サーバへの影響も見受けられませんため、制限を解除
いたしました。しかしながら、今後同様にサーバに許容範囲を超える過負荷等が発生
しました場合、再度制限が設けられる可能性がございます。
回答の内容については定型文章そのままであり、なぜそういうことが起こったのかなどの例もありませんでした。
同一IPから集中するアクセスがあったことについては調べればわかりそうなものですが、そういうサポート費用は含まれていないのでしょう。
コストを安く提供するということは、こういう部分についてのフォローが薄いこととのトレードオフですし。
現時点ではユーザー側で該当のIPをはじくということをしていますが、もう少し上位のところで国単位レベルをはじいて欲しいなぁ。